กาแฟนั้นมีกาเฟอีนเป็นส่วนประกอบ ซึ่งกาเฟอีนเป็นปัจจัยหนึ่งที่มีความสัมพันธ์กับภาวะกระดูกพรุน เนื่องจากมีผลขัดขวางการดูดซึมแคลเซียมเข้าสู่ร่างกาย และเพิ่มการขับแคลเซียมออกทางปัสสาวะ แต่รุนแรงจนถึงกับทำให้เกิดภาวะกระดูกพรุนได้เลยหรือ