การใช้ไมโครเวฟจะทำให้สูญเสียสารอาหารที่มีประโยชน์ เช่น วิตามินบี วิตามินซี โฟเลตนั้น ตามข้อเท็จจริงแล้วการปรุงหรืออุ่นอาหารทุกกรรมวิธีที่ใช้ความร้อนอาจเป็นผลให้เกิดการสูญเสียสารอาหารได้เช่นเดียวกัน