เนื่องจากเส้นก๋วยเตี๋ยวมีโอกาสจุลินทรีย์เจริญเติบโตได้ง่ายมากทำให้เสียเร็วจึงต้องใส่สารกันบูดชนิด โซเดียมเบนโซเอท มากกว่าปกติ โดยเฉพาะเส้นเล็ก เพราะผลิตจากแป้งและมีความชื้น มีการแชร์กันว่ารับประทานมากๆอันตราย จริงหรือ
อาจเป็นปัญหาสำหรับคนรักสุขภาพ เพราะ "ก๋วยเตี๋ยว" ถือเป็นอาหารที่มีแคลอรี่ไม่มาก จึงเป็นที่นิยมสำหรับคนที่กำลังควบคุมน้ำหนัก แต่หากชอบทางเส้นก๋วยเตี๋ยวด้วยแล้ว อาจจะต้องคิดหนัก เพราะเส้นก๋วยเตี๋ยวพบสาร