มีรายงานทางการแพทย์มากมายที่บอกว่า ไข่เป็ดปนเปื้อนเชื้อไทฟอยด์ กินไข่เป็ดแบบไม่สุกเต็มที่ เชื้อไม่ถูกฆ่าตาย ทางสำนักสุขาภิบาลอาหารและน้ำ กรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุข ได้ชี้แจงว่า ไม่เป็นความจริง เนื่องจากโรคไข้ไทฟอยด์ หรือไข้รากสากน้อย เป็นโรคที่เกิดจากเชื้อ Salmonella Typhi หรือ Salmonella Paratyphi ซึ่งติดต่อจาก “คนสู่คน” ซึ่งไม่ได้เกิดจากการบริโภคไข่ไก่หรือไข่เป็ด โดยเชื้อชนิดนี้จะปนเปื้อนอยู่ในอุจจาระของคน

ส่วนโรคที่อาจเกิดจากการบริโภคไข่ไก่หรือไข่เป็ด คือ โรคซาลโมเนลโลซีส (salmonellosis) ที่สามารถติดต่อสู่คนได้ เกิดจากเชื้อ Salmonella Typhimurium หรือ Salmonella Enteritidis สามารถเกิดได้ทั้งไข่ไก่ และไข่เป็ด ซึ่งหากบริโภคไข่ไก่หรือไข่เป็ดที่ไม่ผ่านความร้อนจะมีโอกาสในการรับเชื้อชนิดนี้ เนื่องจากเชื้อซาลโมเนลลา เป็นเชื้อที่พบได้ทั่วไปในสัตว์ปีกสัตว์เลื้อยคลาน สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ถ้าร่างกายได้รับเชื้อนี้ในปริมาณมาก จะทำให้มีอาการคลื่นไส้ อาเจียน ท้องเดิน ปวดศีรษะ ปวดท้อง มีไข้ หนาวสั่น อ่อนเพลีย และความรุนแรงของอาการที่เกิดนั้นขึ้นอยู่กับปริมาณเชื้อที่ได้รับ ซาลโมเนลลา เป็นเชื้อที่ไม่ทนความร้อน จึงถูกทำลายได้หากได้รับความร้อนที่อุณหภูมิ 60 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 15 – 20 นาที หรือ 62 องศาเซลเซียส นาน 4 นาที